Obessmolənmiş naftalanın orqanizmə təsiri termal və kimyəvi amillərin qarşılıqlı təsirinə əsaslanır. Bədən temperaturuna qədər qızdırılmış obessmolənmiş naftalan tətbiq sahəsində dərinin və subkutan toxumanın temperaturunu 1-1,5 °C artırır. Nəticədə təsir sahəsində lokal hiperemiya yaranır.

Qan dövranının artması, damar keçiriciliyinin yüksəlməsi və pH dəyişiklikləri ilə birlikdə obessmolənmiş naftalanın komponentlərinin dəri vasitəsilə daşınmasını təşviq edir. Bu komponentlər eksudat və toxuma ödemini məhdudlaşdırır və iltihab fokusunda proliferativ prosesləri stimullaşdırır. Eksudativ fazada leukositlərin iltihab fokusuna miqrasiyasını və ödemin artmasını məhdudlaşdırır. Proliferativ fazada plazmolemmanın viskozluğunu artırır və onun keçiriciliyini azaldır. Hüceyrə autoliz məhsullarının sorulmasını və interstisial maye axınını gücləndirir. Antioksidant sistemin fəaliyyətini artıraraq lipid peroksidləşməsini inhibə edir və iltihab zamanı sürətlənmiş glikoliz və lipoliz proseslərini bərpa edir. Obessmolənmiş naftalan komponentləri sklerozlu çapıqlarda proteoqlikan komplekslərinin parçalanmasına kömək edir, qlikozaminqlikanların desegreqasiyasını təmin edir və fibroblastların differensiasiyası və yetişməsini stimullaşdırır, bunun nəticəsində birləşdirici toxuma liflərinin sintezini azaldır və sklerotik fokların gerileyişini təmin edir. Tətbiq sahəsində istilik təsiri lokal qan dövranında aşağı molekullu humoral faktorların yığılmasına kömək edir, mikro-damarların genişlənməsini və lokal dəridə qan dövranının artmasını təmin edir. Hiperemiya toxuma metabolizmini artırır, infiltratların sorulmasını sürətləndirir və reparaativ regenerasiyanı stimullaşdırır. Tətbiq sahəsində əzələ spazmları və nosiseptiv liflərin sıxılması azalır, bu isə ağrı hissinin azalmasına və birləşdirici toxuma çapıqlarının yumşalmasına gətirib çıxarır. Lakin temperatur rejiminin pozulması və uzunmüddətli təsirlər adaptasiya sistemlərinin funksiyasının pozulmasına və patologiyanın kəskinləşməsinə səbəb ola bilər.

Obessmolənmiş naftalanın iltihab əleyhinə mexanizmləri müxtəlif yollarla reallaşır. Naftalan və onun preparatlarının əksəriyyəti iltihab mediatorlarının sintezini inhibə edir və fəaliyyətini inaktivləşdirir. Hipererqik iltihabla bağlı dovşanlarda aparılan təcrübələr göstərdi ki, obessmolənmiş naftalanın dördüncü dəfə topikal tətbiqindən sonra qan serotoninin səviyyəsi kəskin azalır və uzun müddət bu səviyyədə qalır; bu təsir asetilxolinin səviyyəsinin azalması ilə müşayiət olunur. Obessmolənmiş naftalan güclü antihistamin aktivliyə malikdir, bu, əsasən histaminoergik strukturların ilkin vəziyyətindən asılıdır. Anafilaktik və allergik reaksiyalar zamanı antihistamin aktivliyi xüsusilə nəzərə çarpır, mexanizm mast hüceyrələrin alterasiyasının inhibəsi və fermentativ proseslərə, xüsusən histaminazanın stimulyasiyasına bağlıdır.

Naften uglevodorodlarının heyvanlara verilməsi adrenal qabıq funksiyasını artırır, kortikosteroid biosintezini təşviq edir, kompensator-adaptiv funksiyaları stimullaşdırır, desensibilizəedici təsir göstərir, anafilaksiyanın ümumi və lokal əlamətlərinin inkişafını ləngidir, Artus fenomeninin yaranmasını maneə törədir və onun baş verməsi halında əlamətləri zəiflədir.

Obessmolənmiş naftalan analjezik və lokal anestezik təsir göstərir. Siçanlarda aparılan təcrübələr göstərdi ki, elektrik cərəyanı ilə dəri həssaslığı ölçülərkən, obessmolənmiş naftalan dərinin həssaslıq həddini 5–6 dəfə artırır, sinir uclarının taktil həssaslığını azaldır, hərəkət liflərinin funksiyasını qoruyur.

Dəriyə topikal tətbiqin effektivliyi onun antimikrob və bakterisidal təsiri, regenerativ prosesləri stimullaşdırması ilə izah olunur. Bakterisidal mexanizm naften karbohidrogenlərinin bakterial membrana təsiri, lipid və qatran komponentlərini həll etməsi, keçiriciliyi artırması, metabolik prosesləri pozması və mikrobin həyat qabiliyyətini itirməsi ilə bağlıdır. Naftalan terapiyası zədələnmiş dəri səthində qranulyasiya intensivliyini artırır, yaraların sağalmasını sürətləndirir və epitel elementlərin artmasına kömək edir. Terapevtik effektin formalaşmasında immunomodulyator təsiri əhəmiyyətlidir.

Klinik və eksperimental tədqiqatlar göstərir ki, obessmolənmiş naftalanın adekvat tətbiqi toxuma mikro-dövranını, qan-beyin baryerinin keçiriciliyini artırır, periferik qan dövranını aktivləşdirir, periferik sinir motor liflərində impuls ötürməni yaxşılaşdırır və onurğa alfa-motonöronlarının həyəcan səviyyəsini artırır. Periferik sinir sistemi travmalarında tətbiqi regenerasiya və reinnervasiyanı gücləndirir, reparaativ prosesləri stimullaşdırır, zədələnmiş sinir və əzələ funksiyalarını bərpa edir, mövcud motor və sensor defektlərin gerileyişini təmin edir, vegeto-damar və trofik pozğunluqları azaldır.